Piratas de la biodiversidad invaden el área de la floresta amazónica donde vive Maya, una joven indígena que es víctima de un ataque predatorio, dejando huérfana la pequeña Tainá. Protegida por las raíces del Gran Árbol (sapopemba), ella es salva por el viejo y solitario chaman Tigê. Pasados cinco años, el chaman la lleva a su pueblo, donde están eligiendo el nuevo líder defensor de la naturaleza. Por ser niña, Tainá es impedida de presentarse al combate. Sin embargo, por herencia de Maya, la última Amazona Guerrera y con el apoyo de Laurinha, una chica muy lista de la ciudad y el nativo nerd Gobi, la pequeña indígena va derrotar los bandoleros y al mismo tiempo aclarar el misterio de su propia origen.