2977: Durante muchos años una gran batalla se ha desatado a través de las galaxias como 500 mil millones de seres humanos, cuyos antepasados ​​fueron exiliados de la Tierra, tiene planes de volver a lo que todavía se llama hogar. Obligado a huir de una Tierra devastada, los seres humanos han agotado los rincones de la galaxia a la que huyeron. Tierra se ha convertido en el recurso más valioso y preciado de todos, controlado por la Coalición Gaia corrupto que gobierna la raza humana a través de las diferentes galaxias. Después de haber sido exiliado y vilipendiado durante la batalla de la Guerra de regreso a casa, Capitán Harlock y su equipo de confianza del crucero de batalla de Arcadia son la única esperanza de la humanidad tiene de descubrir los secretos que la Gaia ha mantenido oculto. La Coalición ha exigido la muerte de Harlock y el nuevo líder de la Flota de Gaia, Esdras, pide a su hermano menor, Logan, para infiltrarse en la Arcadia y luego asesinar a Harlock, por lo tanto siempre erradicar el hombre de pie entre la Coalición y su control completo del Universo. Logan debe hacer una muy personal ...