Itto Ogami sigue vagando por las tierras de Japón junto a su hijo Daigoro. Ofreciendo sus servicios como asesino y esperando acabar con su vengativa misión de acabar con la familia Yagyu. En esta ocasión los regentes de la región en la que Itto se ha introducido le pedirán que elimine al líder de los campesinos que se han sublevado para, al informar al Shogunato, impedir que estos acudan en masa para hacerse de paso con la secreta fórmula de tintes que les da fama y una buena economía. El problema es que éste se encuentra en la región contigua, enfrentada a esta celosos por su prosperidad económica, a la espera de que tres poderosos guerreros, denominados los "Dioses de la muerte", lo recojan y lo lleven ante el Shogunato. Pero esto que ya de por sí parece complicado dadas las habilidades de los tres luchadores se complicará aun mas cuando en su camino Ogami tenga que enfrentarse a una clan de mujeres-ninjas perteneciente a una rama de la odiada familia Yagyu en la que su líder, nuestro héroe encontrará algo más que una Némesis.