Esta vez, la aventura de Ash comienza cuando una fuerte tormenta les hace embarrancar a él y a sus amigos en la isla de Shamouti justo cuando los isleños están preparándose para asignar el papel de héroe en su festival anual. Se lo ofrecen a Ash. Le parece divertido, así que acepta. En el festival se representa una antigua leyenda sobre tres grandes y poderosas aves Pokémon: Moltres, Zapdos y Articuno, que mantienen el equilibrio de la naturaleza en la tierra gobernando los elementos del fuego, relámpago y hielo. Las tres han vivido en harmonía durante siglos. Un día, cuenta la leyenda, la coexistencia pacífica de estas aves poderosas se verá interrumpida, desatando los elementos y provocando el caos en el mundo. Sólo el Elegido tendrá el poder de restablecer el poder en el mundo.